DNALinux Uma solução Linux para Bioinformática

Uma solução Linux para Bioinformática

DNALinux é uma máquina virtual com software bioinformático pré-instalado.
NOVO: Python de Bioinformática (Py4Bio) edição. Ir para página de download .

DNALinux VD: Py4Bio edição

DNALinux Virtual Desktop Py4Bio está pronto !. Esta edição é chamado Py4Bio porque é a distribuição Linux incluído no livro Python para Bioinformática .

Tela1Programas comuns de desktop usados em Bioinformática estão incluídos no DNALinux.Usando VMWare você pode executar programas Linux e Windows lado a lado.

Screen2DNALinux também é um servidor web. Você não tem que configurar um servidor web Apache e instalar programas CGI desde DNALinux tem-los pré-instalado e pronto para ser executado. Com um servidor, você pode fazer um BLAST a partir do seu computador host.

O que é DNALinux Virtual Desktop (VD)?

DNALinux VD é uma máquina virtual pré-configurada (VM) com aplicações direcionadas à bioinformática (análise de DNA e proteína). Esta máquina virtual é executado no topo da livre VMWare Player . Esse player pode ser executado em máquinas Windows e, como a máquina virtual funciona dentro do player, tudo o que você faz com DNALinux VD não toca no computador host para que você possa ter dois ambiente de trabalho separado (DNALinux e Windows juntos no mesmo computador).

Que software está disponível no DNALinux?

Além dos programas habituais do Linux, o software Bioinformatics está incluído, como: ApE-A Plasmid Editor, Biopython, Blast, Emboss, FinchTV, NCBI Toolkit, Polyxmass, primer3 (e uma interface web, primer3plus), Rasmol, Readseq e muitos mais . Veja aqui a lista completa .

Requisitos

Hardware

  • CPU Pentium IV ou melhor
  • 1 Gb de RAM
  • 20 GB de espaço em disco

Programas

Citando DNALinux

Use esta referência:

Bassi, Sebastian e Gonzalez, Virgínia. DNALinux Virtual Desktop Edition. Disponível em Nature Precedings <http://dx.doi.org/10.1038/npre.2007.670.1&gt; (2007)

Para citar um pacote em particular (como grave, BLAST, biopython), vê no software instalado página.

Install instructions

  1. Download the torrent file.
  2. Download DNALinux using the torrent with a bittorrent compatible program like “Bittorrent”, Bittorrnado, Vuze (see here for a complete list)
  3. Download VMWare Free Player
  4. Download 7zip uncompressor
  5. Uncompress DNALinux.7z using 7zip and play the vmk file with VMWare Player.

Direct download in RapidShare (12 parts):

Instruction for files downloaded from Rapidshare:

To join the parts in Windows:

copy /b dbasea* dnalinux.7z

To join the parts in Linux:

cat dbasea* > dnalinux.7z

MD5 checksum: f75e88f48e08161be62b70a8ef465e17

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Nanotecnologia brasileira para remover poluentes radioativos recebe patente

Paramagnetismo

A Comissão Nacional de Energia Nuclear (CNEN) obteve uma patente pela invenção de um nanomaterial superparamagnético.

O nanomaterial pode ser usado para remover poluentes metálicos e tóxicos, incluindo os radioativos, presentes nos efluentes industriais.

O paramagnetismo é a propriedade de determinados materiais, inicialmente desmagnetizados, de adquirir uma forte magnetização a partir da aplicação de um campo magnético externo.

Composto de partículas de magnetita em escala nanométrica, o material patenteado representa uma alternativa mais barata e mais eficiente do que os métodos existentes para tratamento de efluentes.

O invento foi desenvolvido pelas pesquisadoras Mitiko Yamamura e Ruth Luqueze Camilo, do Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares (IPEN), e pelo pesquisador Luiz Carlos Sampaio Lima, do Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (CBPF).

nanoparticulas-superparamagneticas

Remoção de poluentes

A técnica consiste na remoção das nanopartículas, juntamente com os poluentes que a elas se agregam, usando o campo magnético produzido por um ímã.

As nanopartículas magnéticas têm sua superfície revestida por uma fina camada de material polimérico e um agente extrator, de modo a serem funcionalizadas e se tornarem receptoras seletivas de determinados íons ou moléculas (orgânicas).

Na invenção dos três pesquisadores brasileiros, as nanopartículas são utilizadas para remover íons de urânio de meio aquoso.

Como explica Sampaio, as nanopartículas magnéticas são amplamente conhecidas pela sua propriedade de purificar soluções e já bastante utilizadas nos campos da biomedicina, da biologia molecular, do diagnóstico médico e da química.

As partículas descritas na invenção de que ele participou são seletivas para íons metálicos tri, tetra e hexavalentes de soluções altamente ácidas.