SOFTWARE MODELLER – MODELAGEM POR HOMOLOGIA

 

Sobre MODELLER


O software é usado para homologia ou modelagem comparativa de estruturas tridimensionais de proteínas (1,2). O usuário fornece um alinhamento de uma seqüência a ser modelada com estruturas relacionadas conhecidas e MODELLER calcula automaticamente um modelo contendo todos os átomos não-hidrogênio. MODELLER implementa modelagem comparativa de estrutura protéica por meio da satisfação de restrições espaciais (3,4) e pode realizar muitas tarefas adicionais, incluindo modelagem de novo de loops em estruturas de proteínas, otimização de vários modelos de estrutura proteica em relação a uma função objetiva definida flexivelmente Alinhamento múltiplo de sequências de proteínas e / ou estruturas, agrupamento, pesquisa de bases de dados de sequências, comparação de estruturas de proteínas, etc. MODELLER está disponível para download na maioria dos sistemas Unix / Linux, Windows e Mac.

Várias interfaces gráficas para MODELLER estão comercialmente disponíveis . Há também muitos outros recursos e pessoas usando o Modeller em interfaces gráficas ou da web ou outras estruturas.

  1. B. Webb, A. Sali. Modelagem Comparativa de Estrutura Protéica Usando o Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley & Sons, Inc., 5.6.1-5.6.37, 2016.
  2. MA Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez, F. Melo, A. Sali. Modelagem comparativa da estrutura protéica de genes e genomas. Annu Rev. Biophys. Biomol Struct. 29, 291-325, 2000.
  3. A. Sali e TL Blundell. modelagem de proteína comparativa pela satisfação de restrições espaciais. J. Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
  4. A. Fiser, RK Do e A. Sali. Modelagem de alças em estruturas de proteínas, Protein Science 9. 1753-1773, 2000.

A versão atual do Modeller é 9.21 , lançada em 11 de dezembro de 2018. Atualmente, o Modeller é mantido por Ben Webb .

 

 

 

 

 

Fonte: https://salilab.org/modeller/