ALLEN ATLAS CEREBRAL

Visão geral

Esta base de dados de células cerebrais é uma pesquisa de características biológicas derivadas de dados de células únicas, de humanos e ratos.

O banco de dados contém propriedades eletrofisiológicas , morfológicas e transcriptômicas coletadas de células individuais e modelos simulando atividade celular. Nesta fase inicial da geração de dados, a cobertura da pesquisa foi focada em áreas selecionadas do córtex cerebral e nos neurônios talâmicos.

Procure os dados de resposta eletrofisiológica e as morfologias neuronais reconstruídas usando a ferramenta de Pesquisa de Caracteres Celulares . Os dados transcriptômicos podem ser acessados ​​através da página de download .

Use o Kit de Desenvolvimento de Software Allen (SDK) para acessar e analisar programaticamente dados em bruto e executar modelos.

Os dados podem ser baixados selecionando experimentos individuais na ferramenta de Pesquisa de Caracteres de Celular, acessando arquivos RNA-Seq transcriptômicos através da página de Download , ou através do SDK ou API Allen

 

 

 

Dados de rato

As células são adquiridas de áreas cerebrais selecionadas em ratos adultos. As células são identificadas para o isolamento com base em linhas de ratos transgênicos que abrigam repórteres fluorescentes conduzidos por drivers específicos do tipo celular. Para análises eletrofisiológicas e morfológicas, foram selecionadas células excitatórias com expressão enriquecida em camada e células inibitórias baseadas em marcadores clássicos. As áreas cerebrais selecionadas para análise incluem sub-regiões do córtex visual, córtex motor e córtex motor lateral anterior (ALM), na área do motor secundário (MOs).

Para a análise transcriptômica, foram realizadas dissecções regionais e laminares em espécimes de linhas transgênicas pan-neuronais, pan-excitatórias e pan-inibitórias, para amostra de forma abrangente. Os dados do núcleo geniculado lateral (LGd) também estão incluídos.

Este diagrama interativo de Venn mostra quantas células estão disponíveis para cada modalidade de dados (eletrofisiologia, morfologia, transcriptômica) e modelos. Selecione uma categoria para visualizar o subconjunto de células.

Existem 1058 células de mouse para as quais temos dados de eletrofisiologia.

 

 

Dados humanos

As células são adquiridas a partir do tecido cerebral doado nos lobos temporais ou frontais com base em anotações estruturais descritas no Atlas de referência do cérebro humano Allen . Para análises eletrofisiológicas e morfológicas no córtex, as células são selecionadas com base na forma do soma e na localização laminar.

Para a análise transcriptômica, diferentes camadas de córtex são dissecadas e os núcleos neuronais são isolados. A amostragem laminar é guiada pelo número relativo de neurônios presentes em cada camada.

 

 

 

Sobre eletrofisiologia

As gravações de grampos de patch de células inteiras fornecem informações básicas sobre propriedades de disparo celular. As gravações são realizadas usando uma variedade de protocolos de estímulo, incluindo pulsos curtos, passos longos, rampas lentas e ruído naturalista para caracterizar as propriedades intrínsecas desses neurônios. Os protocolos detalhados são descritos no whitepaper técnico de visão geral de eletrofisiologia .

Sobre Morfologia

A estrutura celular informa a função e a diversidade neuronal. Para ver a forma da célula, as células são preenchidas com biocitina e imagens em série para visualizar suas morfologias. Imagens planar e reconstruções de células 3D podem ser visualizadas com os dados de eletrofisiologia da célula, ou baixados para análise off-line. Os protocolos detalhados são descritos no whitepaper técnico da síntese de morfologia .

Sobre Transcriptomics

A seqüência de ARN pode fornecer um perfil transcriptômico para cada célula. Os transcritos genéticos são isolados, amplificados e seqüenciados, e as leituras estão alinhadas com um genoma de referência. A expressão de ARN por gene é relatada como uma média de isoformas de transcrição. Os dados estão disponíveis para células inteiras e, em alguns casos, isolados de frações nucleares. Para os núcleos, uma proporção significativa de lições se alinha aos intrões. Todos os dados podem ser baixados e os protocolos detalhados são descritos no quadro técnico geral da transcriptomics .

Sobre Modelos

Uma variedade de modelos neuronais que simulam propriedades de células intrínsecas estão disponíveis. Os modelos incluem: modelos generalizados de injeção e fogo, modelos biofisicamente realistas, de neurônio único com dendritos passivos e soma ativo (perisomático) e com condutâncias ativas (tudo ativo). As simulações podem ser vistas em linha ao lado das respostas celulares medidas, quando disponíveis. Todos os modelos podem ser baixados, e protocolos detalhados são descritos nos whitepapers técnicos: GLIF , perisomatic , all-active .

 

Fonte:  http://celltypes.brain-map.org/