ALLEN ATLAS CEREBRAL

Visão geral

Esta base de dados de células cerebrais é uma pesquisa de características biológicas derivadas de dados de células únicas, de humanos e ratos.

O banco de dados contém propriedades eletrofisiológicas , morfológicas e transcriptômicas coletadas de células individuais e modelos simulando atividade celular. Nesta fase inicial da geração de dados, a cobertura da pesquisa foi focada em áreas selecionadas do córtex cerebral e nos neurônios talâmicos.

Procure os dados de resposta eletrofisiológica e as morfologias neuronais reconstruídas usando a ferramenta de Pesquisa de Caracteres Celulares . Os dados transcriptômicos podem ser acessados ​​através da página de download .

Use o Kit de Desenvolvimento de Software Allen (SDK) para acessar e analisar programaticamente dados em bruto e executar modelos.

Os dados podem ser baixados selecionando experimentos individuais na ferramenta de Pesquisa de Caracteres de Celular, acessando arquivos RNA-Seq transcriptômicos através da página de Download , ou através do SDK ou API Allen

 

 

 

Dados de rato

As células são adquiridas de áreas cerebrais selecionadas em ratos adultos. As células são identificadas para o isolamento com base em linhas de ratos transgênicos que abrigam repórteres fluorescentes conduzidos por drivers específicos do tipo celular. Para análises eletrofisiológicas e morfológicas, foram selecionadas células excitatórias com expressão enriquecida em camada e células inibitórias baseadas em marcadores clássicos. As áreas cerebrais selecionadas para análise incluem sub-regiões do córtex visual, córtex motor e córtex motor lateral anterior (ALM), na área do motor secundário (MOs).

Para a análise transcriptômica, foram realizadas dissecções regionais e laminares em espécimes de linhas transgênicas pan-neuronais, pan-excitatórias e pan-inibitórias, para amostra de forma abrangente. Os dados do núcleo geniculado lateral (LGd) também estão incluídos.

Este diagrama interativo de Venn mostra quantas células estão disponíveis para cada modalidade de dados (eletrofisiologia, morfologia, transcriptômica) e modelos. Selecione uma categoria para visualizar o subconjunto de células.

Existem 1058 células de mouse para as quais temos dados de eletrofisiologia.

 

 

Dados humanos

As células são adquiridas a partir do tecido cerebral doado nos lobos temporais ou frontais com base em anotações estruturais descritas no Atlas de referência do cérebro humano Allen . Para análises eletrofisiológicas e morfológicas no córtex, as células são selecionadas com base na forma do soma e na localização laminar.

Para a análise transcriptômica, diferentes camadas de córtex são dissecadas e os núcleos neuronais são isolados. A amostragem laminar é guiada pelo número relativo de neurônios presentes em cada camada.

 

 

 

Sobre eletrofisiologia

As gravações de grampos de patch de células inteiras fornecem informações básicas sobre propriedades de disparo celular. As gravações são realizadas usando uma variedade de protocolos de estímulo, incluindo pulsos curtos, passos longos, rampas lentas e ruído naturalista para caracterizar as propriedades intrínsecas desses neurônios. Os protocolos detalhados são descritos no whitepaper técnico de visão geral de eletrofisiologia .

Sobre Morfologia

A estrutura celular informa a função e a diversidade neuronal. Para ver a forma da célula, as células são preenchidas com biocitina e imagens em série para visualizar suas morfologias. Imagens planar e reconstruções de células 3D podem ser visualizadas com os dados de eletrofisiologia da célula, ou baixados para análise off-line. Os protocolos detalhados são descritos no whitepaper técnico da síntese de morfologia .

Sobre Transcriptomics

A seqüência de ARN pode fornecer um perfil transcriptômico para cada célula. Os transcritos genéticos são isolados, amplificados e seqüenciados, e as leituras estão alinhadas com um genoma de referência. A expressão de ARN por gene é relatada como uma média de isoformas de transcrição. Os dados estão disponíveis para células inteiras e, em alguns casos, isolados de frações nucleares. Para os núcleos, uma proporção significativa de lições se alinha aos intrões. Todos os dados podem ser baixados e os protocolos detalhados são descritos no quadro técnico geral da transcriptomics .

Sobre Modelos

Uma variedade de modelos neuronais que simulam propriedades de células intrínsecas estão disponíveis. Os modelos incluem: modelos generalizados de injeção e fogo, modelos biofisicamente realistas, de neurônio único com dendritos passivos e soma ativo (perisomático) e com condutâncias ativas (tudo ativo). As simulações podem ser vistas em linha ao lado das respostas celulares medidas, quando disponíveis. Todos os modelos podem ser baixados, e protocolos detalhados são descritos nos whitepapers técnicos: GLIF , perisomatic , all-active .

 

Fonte:  http://celltypes.brain-map.org/

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DNALinux – Uma solução Linux para Bioinformática

Programas de bioinformática incluídos no DNALinux

 

 

O ApE- A Plasmid Editor
Funciona no Windows (testado em 98, XP, NT), OS X (10.3, 10.4 e 10.5) e Linux / Unix, destaca sites de restrição na janela de edição, mostra tradução, Tm,% GC, ORF de DNA selecionado em tempo real, lê os arquivos DNA Strider, Fasta, Genbank e EMBL, copiar e salvar gráficos como metarquivos do Windows (somente MS Windows) em outros recursos. Para mais informações, visite o website.

Web site: http://www.biology.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/

Outros documentos:

Citação:

AutodockSuite 4.0.1

AutoDock é um conjunto de ferramentas de encaixe automatizadas. Ele é projetado para prever como pequenas moléculas, como substratos ou medicamentos candidatos, se ligam a um receptor de estrutura 3D conhecida. O AutoDock consiste de dois programas principais: AutoDock executa o encaixe do ligando para um conjunto de grades descrevendo a proteína alvo; O AutoGrid pré-calcula essas grades. Além de usá-los para encaixe, as redes de afinidade atômica podem ser visualizadas. Isso pode ajudar, por exemplo, a orientar químicas sintéticas orgânicas para designar melhores aglutinantes.

Web site: http://autodock.scripps.edu/

Outra documentação:

Citação: Morris GM, Goodsell DS, Huey R, Olson AJ. Distribuição automated docking de ligandos flexíveis para proteínas: aplicações paralelas do AutoDock 2.4. J Comput Aided Mol Des. 1996 Ago; 10 (4): 293-304. Pubmed


O Biopython é um conjunto de ferramentas livremente disponíveis para computação biológica escrita em Python por uma equipe internacional de desenvolvedores.
É um esforço colaborativo distribuído para o desenvolvimento de bibliotecas e aplicações Python que abordam as necessidades dos trabalhos atuais e futuros em bioinformática. O código fonte está disponível sob a licença Biopython, que é extremamente liberal e compatível com quase todas as licenças do mundo. Trabalhamos junto com a Open Bioinformatics Foundation, que generosamente fornece espaço na web e CVS para o projeto.

Web site: www.biopython.org

Outra documentação: Bassi S (2007) A Primer on Python for Life Science Researchers. PLoS Comput Biol 3 (11): e199. doi: 10.1371 / journal.pcbi.0030199 
Python para Bioinformáticalivro de Sebastian Bassi

Citação: Cock PJ, Antao T, Chang JT, Chapman BA, Cox CJ, Dalke A, Friedberg I, Hamelryck T, Kauff F, Wilczynski B e Hoon MJ. Biopython: ferramentas Python livremente disponíveis para biologia molecular computacional e bioinformática. Bioinformática 2009 1 de junho; 25 (11) 1422-3. doi: 10.1093 / bioinformática / btp163 pmid: 19304878. Pubmed

 

Blast 2.2.20

A Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST) encontra regiões de similaridade local entre sequências. O programa compara sequências de nucleotídeos ou proteínas para bases de dados de sequências e calcula a significância estatística dos fósforos. O BLAST pode ser usado para inferir relações funcionais e evolutivas entre sequências, bem como ajudar a identificar membros de famílias de genes.

Site: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

Outros documentos:

Citação: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller e David J Lipman (1997), “Gapped BLAST e PSI-BLAST: uma nova geração de programas de pesquisa de banco de dados de proteína”, Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402.

 

ClustalX

Alinhamento múltiplo de sequências de ácido nucleico e proteína.
Clustal X é uma interface do Windows para o programa de alinhamento de sequências múltiplas ClustalW. Ele fornece um ambiente integrado para realizar alinhamentos múltiplos de seqüências e perfis e analisar os resultados. O alinhamento da seqüência é exibido em uma janela na tela. Um esquema de coloração versátil foi incorporado, permitindo destacar os recursos conservados no alinhamento. Os menus pull-down na parte superior da janela permitem selecionar todas as opções necessárias para o alinhamento de múltiplas sequências e perfis tradicionais.

Site: http://www.clustal.org/

Outros documentos:

Citação: Jeanmougin, F., Thompson, JD, Gouy, M., Higgins, DG e Gibson, TJ (1998) Alinhamento de seqüências múltiplas com Clustal X. Tendências Biochem Sci, 23, 403-5.

 

O EMBOSS é “A Suite Européia de Software de Biologia Molecular Européia”. O EMBOSS é um pacote gratuito de análise de software de código aberto especialmente desenvolvido para as necessidades da comunidade de usuários de biologia molecular (por exemplo, EMBnet). O software lida automaticamente com dados em uma variedade de formatos e até permite a recuperação transparente de dados de sequência da web. Além disso, à medida que as extensas bibliotecas são fornecidas com o pacote, é uma plataforma para permitir que outros cientistas desenvolvam e liberem softwares com um verdadeiro espírito de código aberto. O EMBOSS também integra uma série de pacotes e ferramentas atualmente disponíveis para a análise de seqüências em um todo sem costura. O EMBOSS quebra a tendência histórica para pacotes de software comercial.

Web site: www.emboss.org

Outra documentação:

Citação: Arroz, P. Longden, eu. e Bleasby, A. EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite (2000) Tendências em Genética 16, (6) pp276-277.

 

EMNU-1.05
emnu exibe um menu simples baseado em caracteres que permite que você exiba os nomes dos programas em relevo e selecione-os. Ele também exibe os nomes dos arquivos em seu diretório atual e permite exibir seus conteúdos, copiá-los, excluí-los e fazer outras coisas com eles. Emnu permite mover os menus de programas ou arquivos usando as teclas de seta. Pressionando RETURN quando você selecionou um item executará um programa ou exibirá um arquivo.

Web site: http://web.mit.edu/emboss_v4.0.0/www/embassy/emnu/emnu.html

Outros documentos:

Citação:

ESIM4-1.0.0
Alinhar um mRNA a um

site de sequência de DNA genômico : http://saf.bio.caltech.edu/hhmi_manuals/solaris/embassy_apps/esim4/esim4.html

Outros documentos:

Citação: Florea L, Hartzell G, Zhang Z, Rubin GM, Miller W. “Um programa de computador para alinhar uma sequência de cDNA com uma sequência de DNA genômico”. Genoma Res 1998 Sep; 8 (9): 967-74

 

FinchTV – Visualizador de rastreamento de cromatografia de sequência de DNA. 
O utilitário FinchTV para visualização de arquivos de cromatograma é um aplicativo autônomo que os pesquisadores usam para visualizar e editar facilmente seus dados de seqüência com interatividade dinâmica.

Web site: http://www.geospiza.com/Products/finchtv.shtml

Outros documentos:

Citação:

HMMER-2.3.2 Os
modelos escondidos do Markov do perfil (HMMs do perfil) podem ser usados ​​para fazer pesquisa de banco de dados sensível usando descrições estatísticas do consenso de uma família de seqüência. HMMER é uma implementação livremente distribuível do software HMM de perfil para análise de seqüência de proteínas.

Web site: http://hmmer.janelia.org/

Outra documentação:

Citação: A teoria por trás do perfil HMMs: R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh e G. Mitchison, análise de seqüência biológica: modelos probabilísticos de proteínas e ácidos nucleicos, Cambridge University Press, 1998. IPRSCAN-4.3.1 Web site: documentação adicional: Citação:

Kalign 2.03
Kalign é uma ferramenta de linha de comando para realizar o alinhamento múltiplo de seqüências biológicas. Ele emprega o algoritmo Wu-Manber string-matching, para melhorar tanto a precisão quanto a velocidade do alinhamento. Ele usa abordagem de alinhamento global e progressivo, enriquecendo empregando um algoritmo aproximado de correspondência de cadeias para calcular distâncias de seqüência e incorporando combinações locais no alinhamento de outra forma global. Nas comparações feitas por seus autores, Kalign era cerca de 10 vezes mais rápido do que o ClustalW e, dependendo do tamanho do alinhamento, até 50 vezes mais rápido do que os métodos iterativos populares.

Web site: http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi

Outra documentação:

Citação: Timo Lassmann e Erik LL Sonnhammer. Kalign – um algoritmo de alinhamento de sequências múltiplo preciso e rápido. BMC Bioinformatics 2005, 6: 298doi: 10.1186 / 1471-2105-6-298

MEMENEW-0.1.0 Web site de
detecção de motivos

http://saf.bio.caltech.edu/hhmi_manuals/solaris/embassy_apps/memenew/ememe.html

MIRA-2.8.2
O assembler do fragmento mira genome é um montador especializado para projetos de seqüenciamento classificados como “difíceis” devido ao alto número de repetições similares. Para transcrições de EST, miraEST é especializada na reconstrução de transcritos de ARNm prístinos enquanto detecta e classifica polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNP) ocorrendo em diferentes variações.
O sistema de montagem está usando estratégias multipassos iterativas centradas no uso de regiões de alta confiança dentro de seqüências e tem uma estratégia de retorno para usar regiões de baixa confiança quando necessário.

Site: http://chevreux.org/projects_mira.html

 

MSE-1.0.0 Web site do 
Editor de Sequências Múltiplas

http://saf.bio.caltech.edu/hhmi_manuals/solaris/embassy_apps/mse/mse.html

 

MYEMBOSS-6.0.0 O
MYEMBOSS fornece uma estrutura de diretório e stubs de makefile para desenvolver suas próprias aplicações mais facilmente do que em versões anteriores a 3.0.0.

Web site: http://saf.bio.caltech.edu/hhmi_manuals/solaris/embassy_apps/myemboss/

 

NCBI Toolkit

O NCBI Toolkit é uma coleção de utilitários desenvolvidos para a produção e distribuição do GenBank, Entrez, BLAST e serviços relacionados pelo Centro Nacional de Informação Biotecnológica. Inclui as ferramentas populares de bioinformática formatdb e blastall.

Web site: http://www.ncbi.nih.gov/IEB/ToolBox/SDKDOCS/INDEX.HTML

 

Polyxmass 0.9.7

PHYLIP (o pacote de inferência PHYLogeny) é um pacote de programas para inferir filogenias (árvores evolutivas). Está disponível gratuitamente na Internet e escrito para trabalhar em tantos tipos diferentes de sistemas de computador quanto possível.
Felsenstein, J. 2005. PHYLIP (Phylogeny Inference Package) versão 3.6. Distribuído pelo autor. Departamento de Ciências do Genoma, Universidade de Washington, Seattle.

Web site: http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html

 

polyxmass é um conjunto de software para espectrometria de massa (bio) de polímero que é o Software Livre desenvolvido no GNU / Linux. Permite a definição de química de polímeros e a simulação / análise de dados espectrométricos de massa obtidos em (bio) polímeros.

Citação: Filippo Rusconi, GNU polyxmass: uma estrutura de software para simulações de espectrometria de massa de analitos lineares (bio-) poliméricos. BMC Bioinformatics 2006, 7: 226doi: 10.1186 / 1471-2105-7-226

 

Primer3 1.1.4 / Primer3plus (GUI da Web para primer3) O 
Primer3 é um programa amplamente utilizado para projetar iniciadores de PCR (PCR = “Reação em Cadeia de Polimerase”). O PCR é uma ferramenta essencial e omnipresente em genética e biologia molecular. O Primer3 também pode projetar sondas de hibridação e iniciadores de seqüenciamento.

Web site: http://primer3.sourceforge.net/

Outra documentação:

Citação: Rozen S, Skaletsky H (2000) Primer3 na WWW para usuários em geral e para programadores biologicos. Em: Krawetz S, Misener S (eds) Métodos e Protocolos de Bioinformática: Métodos em Biologia Molecular. Humana Press, Totowa, NJ, pp 365-386

 

Pymol 1.0r2 O
PyMOL é um sistema de visualização molecular de código aberto, criado por Warren Lyford DeLano e comercializado pela DeLano Scientific LLC, que é uma empresa de software privada dedicada à criação de ferramentas úteis que se tornam universalmente acessíveis para comunidades científicas e educacionais.

Site: http://www.pymol.org/

 

Rasmol 2.7.3.1
RasMol é um programa de gráficos moleculares destinado à visualização de proteínas, ácidos nucleicos e moléculas pequenas.

Site: http://www.rasmol.org/

 

 

readseq 1.7
Lê e grava seções nucleicas / proteínas em vários formatos. Os arquivos de dados podem ter múltiplas seqüências.

 

Sigma Align 1.1.1
A maioria das ferramentas para o alinhamento de sequências múltiplas são focadas no alinhamento da seqüência de proteínas ou da sequência de DNA que codifica a proteína. Sigma (“Alinhamento múltiplo codicioso simples”) é um programa de alinhamento com um novo algoritmo e esquema de pontuação projetado especificamente para seqüência de DNA não codificante.

Site: http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/

Outros documentos:

Citação: Rahul Siddharthan, “Sigma: alinhamento múltiplo de sequências de DNA não codificantes fracamente conservadas”, BMC Bioinformatics 7: 143 ( 2006). Pubmed

 

SIGNATURE-0.1.0

Web site: http://saf.bio.caltech.edu/hhmi_manuals/solaris/embassy_apps/signature/

 

STRUCTURE-0.1.0

Web site: http://saf.bio.caltech.edu/hhmi_manuals/solaris/embassy_apps/structure/

 

TREEFINDER calcula árvores filogenéticas a partir de seqüências moleculares. O programa infere árvores mesmo grandes por máxima probabilidade sob uma variedade de modelos de evolução de seqüência. Ele aceita dados de nucleotídeos e aminoácidos e leva em consideração a heterogeneidade da taxa. Modelos separados podem ser assumidos para partições de dados definidas pelo usuário, taxas separadas, comprimentos de borda separados, composições de caracteres separadas. Todos os parâmetros podem ser estimados a partir dos dados. A pesquisa de árvores pode ser guiada por restrições topológicas fornecidas pelo usuário e iniciar árvores.

Web site: http://www.treefinder.de/

Outros documentos: o manual está disponível em formato pdf .

Citação: Jobb, G., A. von Haeseler e K. Strimmer. TREEFINDER: Um poderoso ambiente de análise gráfica para filogenética molecular. 2004. BMC Evolutionary Biology. Pubmed

 

TreeView 0.5.1
TreeView fornece uma maneira simples de ver o conteúdo de um arquivo de árvore de formato NEXUS, PHYLIP, Hennig86, Clustal ou outro formato. Enquanto PAUP e MacClade possuem excelentes instalações de impressão de árvores, pode haver momentos em que você só deseja ver as árvores sem ter que carregar o conjunto de dados de que foram geradas. O pacote PHYLIP contém programas de desenho de árvores que oferecem uma maior variedade de árvores que o TreeView, mas são um tanto desgastantes de usar. O próximo PAUP * para Windows não possui uma interface gráfica, portanto, o TreeView permite que você crie árvores de qualidade de publicação a partir de arquivos PAUP, diretamente ou gerando arquivos gráficos para edição por outros programas.

Web site: http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html

Outra documentação:

Citação: Page, RDM 1996. TREEVIEW: uma aplicação para exibir árvores filogenéticas em computadores pessoais. Aplicações informáticas nas Biociências 12: 357-358.

 

 

TOPO-1.0.0
TOPO cria uma imagem de uma proteína transmembranar.

Web site: http://saf.bio.caltech.edu/hhmi_manuals/solaris/embassy_apps/topo/topo.html

 

Vienna RNA 1.8.25

O Vienna RNA Package consiste em uma biblioteca de código C e vários programas autônomos para a predição e comparação de estruturas secundárias de RNA.
A predição da estrutura secundária do RNA através da minimização de energia é a função mais utilizada na embalagem. Nós fornecemos três tipos de algoritmos de programação dinâmica para a predição da estrutura: o algoritmo mínimo de energia livre de (Zuker & Stiegler 1981) que produz uma única estrutura ótima, o algoritmo de função de partição de (McCaskill 1990) que calcula as probabilidades de pares de bases no conjunto termodinâmico, e o algoritmo de dobragem sub-óptimo de (Wuchty et.al 1999) que gera todas as estruturas sub-ótimas dentro de uma determinada faixa de energia da energia ideal. Para a comparação de estrutura secundária, o pacote contém várias medidas de distância (dissimilaridades) usando o alinhamento de cordas ou a edição de árvores (Shapiro & Zhang, 1990). Finalmente, fornecemos um algoritmo para projetar seqüências com uma estrutura predefinida (dobra inversa).

Web site: http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/

Outros documentos:

Citação: Ivo L. Hofacker, Walter Fontana, Peter F. Stadler, L. Sebastian Bonhoeffer, Manfred Tacker e Peter Schuster. Folding Rápido e Comparação de Estruturas Secundárias de RNA. Apareceu em: Monatsh.Chem. 125: 167-188 (1994).

 

 

Faça o download do DNALinux

DNALinux Virtual Desktop. Python for Bioinformatics Edition (NOVO! Jun 2009)

Instruções de instalação

  1. Baixe o arquivo torrent .
  2. Faça o download do DNALinux usando o torrent com um programa compatível com bittorrent como “Bittorrent”, Bittorrnado, Vuze ( veja aqui para obter uma lista completa )
  3. Faça o download do VMWare Free Player
  4. Baixar 7zip uncompressor
  5. Descompacte DNALinux.7z usando o 7zip e reproduza o arquivo vmk com o VMWare Player.

Download direto no RapidShare (12 partes):

Instrução para arquivos baixados do Rapidshare:

Para juntar as peças no Windows:

copiar / b dbasea * dnalinux.7z

Para juntar as peças no Linux:

gato dbasea *> dnalinux.7z

Soma de verificação MD5: f75e88f48e08161be62b70a8ef465e17

Versão antiga (não suportada):

Servidor DNALinux

Nota: A nova versão (VDE Python para Bioinformatcs) já é um servidor, portanto a edição do servidor é interrompida.

 

 

 

 

 

 

 

 

Fonte: http://www.dnalinux.com/installedsoftware.html

Tatuagens eletrônicas de grafeno podem ser aplicadas à pele com água

 

Os pesquisadores criaram uma tatuagem à base de grafeno que pode ser laminada diretamente sobre a pele com água, semelhante a uma tatuagem temporária. Mas em vez de apresentar desenhos artísticos ou coloridos, a nova tatuagem é quase transparente. Sua principal atração é que as propriedades eletrônicas únicas do grafeno permitem que a tatuagem funcione como um dispositivo eletrônico portátil, com aplicações potenciais, incluindo usos biométricos (como medir a atividade elétrica do coração, cérebro e músculos), bem como interações homem-máquina .

Os pesquisadores, liderados por Deji Akinwande e Nanshu Lu na Universidade do Texas em Austin, publicaram um artigo sobre a nova  eletrônica de grafeno em uma edição recente da ACS Nano .

De certa forma, a tatuagem eletrônica de grafeno é semelhante aos dispositivos eletrônicos comercialmente disponíveis para rastreamento de saúde e fitness: ambos os tipos de dispositivos são capazes de monitorar a freqüência cardíaca e bioimpedância (uma medida da resposta do corpo a uma corrente elétrica). Mas porque as tatuagens de grafeno ultrafinas podem ser totalmente compatíveis com a  , elas oferecem qualidade de dados de qualidade médica, em contraste com o menor desempenho dos sensores de eletrodos rígidos montados em bandas e amarrados ao pulso ou ao peito. Devido à percepção de alta qualidade, os pesquisadores esperam que as tatuagens de grafeno possam oferecer substituições promissoras para sensores médicos existentes, que normalmente são gravados na pele e requerem gel ou pasta para permitir que os eletrodos funcionem.

“A tatuagem de grafeno é um sensor fisiológico seco que, devido à sua magreza, forma um contato ultra-conformal para a pele, resultando em maior fidelidade de sinal”, disse o co-autor Shideh Kabiri Ameri na Universidade do Texas em Austin. “A conformidade resulta em menos susceptibilidade aos artefatos de movimento, que é uma das maiores desvantagens dos sensores e eletrodos secos convencionais para medições fisiológicas”.

As novas tatuagens são feitas de grafeno que é revestido com uma camada de suporte ultrafinas de polímero transparente poli (metacrilato de metilo) (PMMA). Durante a fabricação, a bicamada de grafeno / PMMA é transferida para um pedaço de papel de tatuagem comum, e a bicamada é então esculpida em diferentes padrões de fitas serpentinas para fazer diferentes tipos de sensores. A tatuagem acabada é então transferida para qualquer parte do corpo, trazendo o lado do grafeno em contato com a pele e aplicando água na parte de trás do papel da tatuagem para liberar a tatuagem. As tatuagens mantêm sua função completa por cerca de dois dias ou mais, mas podem ser removidas por um pedaço de fita adesiva se desejado.

Uma vez que os pesquisadores mostraram anteriormente que, teoricamente, uma tatuagem de grafeno deve ter menos de 510 nm de espessura para se adequar totalmente à pele humana e exibir um desempenho ótimo, a tatuagem que fabricou aqui é de apenas 460 nm de espessura. Combinado com a transparência óptica bicamada de grafeno / PMMA de aproximadamente 85% e o fato de que as tatuagens são mais esticáveis ​​do que a pele humana, as tatuagens de grafeno resultantes são praticamente perceptíveis, tanto mecânicas como opticamente.

Os testes mostraram que as tatuagens eletrônicas de grafeno podem ser usadas com sucesso para medir uma variedade de sinais eletrofisiológicos, incluindo temperatura da pele e hidratação da pele, e podem funcionar como eletrocardiograma (ECG), eletromiograma (EMG) e eletroencefalograma (EEG) para medir o elétron atividade do coração, músculos e cérebro, respectivamente.

“As tatuagens eletrônicas Graphene são mais promissoras para aplicações potenciais em saúde móvel, tecnologias assistidas e  “, disse Kabiri Ameri. “Na área de interfaces de máquinas humanas, os sinais eletrofisiológicos registrados no cérebro e nos músculos podem ser classificados e atribuídos para ação específica em uma máquina. Esta área de pesquisa pode ter aplicações para a internet de coisas, casas inteligentes e cidades, interação humana com computadores , cadeiras de rodas inteligentes, tecnologia de assistência de fala, monitoramento de condução distraída e controle de humano-robô. Recentemente, demonstramos a aplicação de tatuagens para detectar sinais humanos para controle sem fio de objetos voadores. Essa demonstração será relatada no futuro próximo “.

Read more at: https://phys.org/news/2017-08-graphene-electronic-tattoos-skin.html#jCp

DNALinux Uma solução Linux para Bioinformática

Uma solução Linux para Bioinformática

DNALinux é uma máquina virtual com software bioinformático pré-instalado.
NOVO: Python de Bioinformática (Py4Bio) edição. Ir para página de download .

DNALinux VD: Py4Bio edição

DNALinux Virtual Desktop Py4Bio está pronto !. Esta edição é chamado Py4Bio porque é a distribuição Linux incluído no livro Python para Bioinformática .

Tela1Programas comuns de desktop usados em Bioinformática estão incluídos no DNALinux.Usando VMWare você pode executar programas Linux e Windows lado a lado.

Screen2DNALinux também é um servidor web. Você não tem que configurar um servidor web Apache e instalar programas CGI desde DNALinux tem-los pré-instalado e pronto para ser executado. Com um servidor, você pode fazer um BLAST a partir do seu computador host.

O que é DNALinux Virtual Desktop (VD)?

DNALinux VD é uma máquina virtual pré-configurada (VM) com aplicações direcionadas à bioinformática (análise de DNA e proteína). Esta máquina virtual é executado no topo da livre VMWare Player . Esse player pode ser executado em máquinas Windows e, como a máquina virtual funciona dentro do player, tudo o que você faz com DNALinux VD não toca no computador host para que você possa ter dois ambiente de trabalho separado (DNALinux e Windows juntos no mesmo computador).

Que software está disponível no DNALinux?

Além dos programas habituais do Linux, o software Bioinformatics está incluído, como: ApE-A Plasmid Editor, Biopython, Blast, Emboss, FinchTV, NCBI Toolkit, Polyxmass, primer3 (e uma interface web, primer3plus), Rasmol, Readseq e muitos mais . Veja aqui a lista completa .

Requisitos

Hardware

  • CPU Pentium IV ou melhor
  • 1 Gb de RAM
  • 20 GB de espaço em disco

Programas

Citando DNALinux

Use esta referência:

Bassi, Sebastian e Gonzalez, Virgínia. DNALinux Virtual Desktop Edition. Disponível em Nature Precedings <http://dx.doi.org/10.1038/npre.2007.670.1&gt; (2007)

Para citar um pacote em particular (como grave, BLAST, biopython), vê no software instalado página.

Install instructions

  1. Download the torrent file.
  2. Download DNALinux using the torrent with a bittorrent compatible program like “Bittorrent”, Bittorrnado, Vuze (see here for a complete list)
  3. Download VMWare Free Player
  4. Download 7zip uncompressor
  5. Uncompress DNALinux.7z using 7zip and play the vmk file with VMWare Player.

Direct download in RapidShare (12 parts):

Instruction for files downloaded from Rapidshare:

To join the parts in Windows:

copy /b dbasea* dnalinux.7z

To join the parts in Linux:

cat dbasea* > dnalinux.7z

MD5 checksum: f75e88f48e08161be62b70a8ef465e17